管理辦法明確，中央高校基本科研業(yè)務費用于支持中央高校開展自主選題研究工作，使用方向包括：重點支持40周歲以下青年教師提升基本科研能力；支持在校優(yōu)秀學生提升科研創(chuàng)新能力；支持優(yōu)秀創(chuàng)新團隊建設；開展多學科交叉的基礎性、支撐性和戰(zhàn)略性研究；加強科技基礎性工作。

兩部門在辦法中強調(diào)，今后對中央高校培養(yǎng)優(yōu)秀科研人才和團隊、開展前瞻性自主科研、提升創(chuàng)新能力將給予穩(wěn)定支持，并根據(jù)使用績效和中央財力狀況適時加大支持力度。中央高?？筛鶕?jù)自身基本科研需求統(tǒng)籌規(guī)劃，自主選題、自主立項，按規(guī)定編制預算和使用資金。

管理辦法也在提高資金使用效率上有諸多規(guī)定，強調(diào)資金安排各個環(huán)節(jié)要公開公正，并將基本科研業(yè)務費納入中央高校財務統(tǒng)一管理，?？顚Ｓ?。

管理辦法還規(guī)定，基本科研業(yè)務費不得開支有工資性收入的人員工資、獎金、津補貼和福利支出；不得購置40萬元以上的大型儀器設備；不得分攤學校公共管理和運行費用；不得作為其他項目的配套資金；不得用于償還貸款、支付罰款、捐贈、贊助、投資等支出;也不得用于按照國家規(guī)定不得列支的其他支出。

此外，基本科研業(yè)務費的資金支付執(zhí)行國庫集中支付制度。發(fā)生的會議費、差旅費、小額材料費和測試化驗加工費等，應按規(guī)定實行“公務卡”結(jié)算。勞務費、專家咨詢費等支出，原則上應當通過銀行轉(zhuǎn)賬方式結(jié)算，從嚴控制現(xiàn)金支付。