20世紀70年代以后，姚駿恩的科研事業(yè)蒸蒸日上。1973～1975年負責指導完成我國第一臺掃描電子顯微鏡研制；1987～1988年率先在國內(nèi)提出并主持完成掃描隧道顯微鏡的研制和生產(chǎn)；1991～1993年提出并主持完成我國第一臺超分辨光子掃描隧道顯微鏡，還主持研制了原子力顯微鏡。

豐碩科研成果讓姚駿恩榮獲諸多榮譽，他榮獲了國家科技進步獎二等獎及全國科學大會獎等11項國家和省部級科技獎。

只爭朝夕于“第四次創(chuàng)業(yè)”，聚焦空間納米測控技術

進入新世紀，姚駿恩迎來了科研事業(yè)“第二春”。2001年，他當選中國工程院院士。

同年，姚駿恩參與研制生產(chǎn)的Nspm-6800型掃描探針顯微鏡獲得了2001BCEIA金獎。2003年，他邁進北京航空航天大學，擔任教授、校學術委員會副主任，航空科學與技術國家實驗室（籌）首席科學家和理學院物理研究所所長。

姚駿恩說：“這實現(xiàn)了他54年前報考航空工程系為祖國航空事業(yè)服務的愿望?！睂Υ?，他倍加珍惜。

在北京航空航天大學期間，姚駿恩只爭朝夕，全力以赴致力于工作之中：開拓學科方向、培養(yǎng)科研人員。在國家自然科學基金和科學技術部等支持下，他負責完成了“納米分辨率活細胞掃描探針原位實時顯微觀測系統(tǒng)的研究”、“復雜系統(tǒng)與空間物質(zhì)結構科技創(chuàng)新平臺”的子平臺——空間物質(zhì)納米級就位測試、“掃描電鏡增配聚焦離子束納米加工系統(tǒng)”、“場發(fā)射槍透射電子顯微鏡”等研制項目，并籌建了“微納測控與低維物理教育部重點實驗室”等相關實驗室。

姚駿恩將這次工作機會比喻為“第四次創(chuàng)業(yè)”：第一次是在中科院長春光機所主持設計、研制10萬倍大型電子顯微鏡；第二次是在中科院北京科學儀器廠研制我國第一臺掃描電鏡；第三次是在中科院北京電子顯微鏡開放實驗室主持完成掃描隧道顯微鏡的研制和生產(chǎn)工作。

姚駿恩說：“這是我的第四次創(chuàng)業(yè)，我希望重振我國電子顯微鏡制造事業(yè)；發(fā)展空間納米測控技術，在進行太空探測時，能用上中國自己研制的超顯微分析儀器，把原子力顯微鏡等超顯微鏡放到空間，在月球、火星表面實現(xiàn)納米量級的就位測量……”